Schepp Zoltán két cikluson keresztül volt a Pécsi Tudományegyetem Közgazdaságtudományi Karának dékánja, jelenleg is a Gazdasági Bizottság elnöke. A modellváltás kapcsán és a világban megváltozott körülmények miatt a költséghatékonyságra még jobban oda kell figyelni az egyetemen. Gazdálkodásért felelős rektorhelyettesként az a célja, hogy ebben segítsen a Pécsi Tudományegyetemnek.